Søtoilettet betjenes typisk via en manuel eller elektrisk pumpe, der skyller med havvand og leder affaldet til en holdingtank. Systemet er sårbart over for blokeringer, hvorfor sparsom brug af letopløseligt toiletpapir og totalt forbud mod fremmedlegemer sikrer driftssikkerheden.
Korrekt betjening af søventilerne til ind- og udløb forhindrer hævertvirkning. Luk derfor altid ventilerne under sejlads i hårdt vejr, og når båden forlades, så risikoen for vandindtrængen elimineres.