Nationalflaget angiver bådens registreringsland og dermed den gældende lovgivning om bord. For danske lystsejlere benyttes oftest Yachtflaget, der føres fra et spil agter eller gaffel. I havn følges faste tider: hejsning kl. 08.00 og nedhaling ved solnedgang.
Under sejlads i dagslys bør flaget være sat, særligt ved kystnær sejlads og i udlandet, for at sikre korrekt identifikation. Et slidt flag udskiftes straks, og det må aldrig røre dækket eller vandet, da det signalerer dårligt sømandsskab.